PCR十大常用網(wǎng)站，必收藏之！

時(shí)間：2023-06-05 01:09:01 | 來源：網(wǎng)站運(yùn)營(yíng)

時(shí)間：2023-06-05 01:09:01 來源：網(wǎng)站運(yùn)營(yíng)

PCR十大常用網(wǎng)站，必收藏之?。篜CR作為老生常談的一種實(shí)驗(yàn)技術(shù)，對(duì)實(shí)驗(yàn)新手而言卻仍是一個(gè)不小的挑戰(zhàn)，比如引物的設(shè)計(jì)、預(yù)測(cè)脫靶效率、PCR中的疑難雜癥等等，其中任何一個(gè)問題都會(huì)讓他們頭疼一陣了。而本文推薦的十個(gè)常用網(wǎng)站基本囊括了PCR全方位攻略，你想知道的都可以在這里找到答案。

1.Primer3?

網(wǎng)址：http://primer3.sourceforge.net/webif.php

Primer3是一個(gè)非常簡(jiǎn)單卻高效的引物設(shè)計(jì)在線軟件。你只需在目標(biāo)序列中粘貼DNA序列后點(diǎn)擊搜索即可。其中，可通過多種方式來對(duì)結(jié)果進(jìn)行篩選，包括PCR產(chǎn)物的大小、引物大小、Tm范圍和其他參數(shù)。同樣，還可使用Primer3來設(shè)計(jì)用于PCR-ELISA的雜交探針和其他基于探針的PCR引物設(shè)計(jì)。


2.NCBI

網(wǎng)址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/

NCBI網(wǎng)站的用途遠(yuǎn)不止于搜索文獻(xiàn)和BLAST。在Primer Blast中，可搜索到合適的引物對(duì)（該功能類似于Primer3）或者在輸入特異性引物序列后，利用Primer Blast來檢測(cè)其特異性，進(jìn)而減少非靶向擴(kuò)增。在全基因組DNA中，如果你想擴(kuò)增多基因家族中的一個(gè)基因，那么對(duì)靶基因的引物進(jìn)行blast會(huì)提高PCR反應(yīng)的特異性。且該方法也可擴(kuò)增質(zhì)粒上的靶標(biāo)，并降低產(chǎn)生非特異性PCR產(chǎn)物的風(fēng)險(xiǎn)。

3.Serial Cloner

網(wǎng)址：http://serialbasics.free.fr/Serial_Cloner.html

如果你需要定期進(jìn)行PCR和克隆，那么這個(gè)軟件絕對(duì)值得擁有，可下載適用Mac和Windows操作系統(tǒng)的免費(fèi)軟件。一旦你安裝了程序并保存了你的DNA和引物序列，就可以運(yùn)行虛擬PCR，查看限制性位點(diǎn)，進(jìn)行酶切測(cè)試（甚至可以添加你的分子量標(biāo)記來了解你的瓊脂糖凝膠應(yīng)該如何看待?。?，執(zhí)行序列比對(duì)等等。Serial Cloner還可用來制作能放在PPT甚至文章中的克隆質(zhì)粒圖譜。

4. Integrated DNA technologies

網(wǎng)址：https://sg.idtdna.com/country.aspx

盡管這不是一個(gè)只針對(duì)PCR的網(wǎng)站，但是可以在其中找到很多非常有用的工具來幫你操作PCR反應(yīng)和實(shí)時(shí)PCR實(shí)驗(yàn)。比如，計(jì)算引物和擴(kuò)增子的一般性質(zhì)或者依據(jù)具體需求來設(shè)計(jì)特異性的寡核苷酸等。值得一提的是，該網(wǎng)站還會(huì)提供一些稀釋底物方法，以解決實(shí)驗(yàn)中瑣碎的稀釋計(jì)算方法。

5.Gene Quantification Page

網(wǎng)址：http://gene-quantification.info/




這個(gè)網(wǎng)站是由創(chuàng)建qPCR相對(duì)定量Pfaffl法的Michael P.Pfaffl編輯的，對(duì)于qPCR實(shí)驗(yàn)新人來說，可能是一個(gè)很好的資源。在這里，可以找到有關(guān)qPCR的所有知識(shí)，包括qPCR新的應(yīng)用方法、定量算法、循環(huán)參數(shù)、試劑盒、染料等等。除此之外，許多商業(yè)和學(xué)術(shù)機(jī)構(gòu)都在qPCR平臺(tái)上對(duì)他們的產(chǎn)品以及實(shí)驗(yàn)方法做了非常詳細(xì)的概述。

6.Saccharomyces genome database

網(wǎng)址：http://www.yeastgenome.org/

該網(wǎng)站對(duì)酵母的相關(guān)研究方法進(jìn)行了優(yōu)化，在Analyze這一欄中，點(diǎn)擊Design Primers即可針對(duì)酵母基因設(shè)計(jì)PCR引物。同樣點(diǎn)擊該欄目下的Restriction Mapper可簡(jiǎn)單快速地分析酵母基因組的酶切位點(diǎn)，為后續(xù)構(gòu)建基因表達(dá)載體打下基礎(chǔ)。另外，Webcutter也是一個(gè)常用于分析基因酶切位點(diǎn)的在線軟件。

7.Rest 2009 Real-Time Quantification software

網(wǎng)址：http://rest.gene-quantification.info/

該軟件是由Michael P.Pfaffl和Qiagen共同研發(fā)的，是實(shí)時(shí)PCR（Realtime PCR）原始數(shù)據(jù)量化的重要資源。要訪問該軟件，首先需要在Qiagen網(wǎng)站上（https://www.qiagen.com/cn/loginscreen.aspx?ReturnUrl=%2fcn%2ffeedbackform%2fsurveyform%2frest%2f%3fakamai-feo%3doff）創(chuàng)建一個(gè)登陸名并選擇使用的PCR儀器，該軟件會(huì)應(yīng)用數(shù)學(xué)模型，來預(yù)測(cè)靶基因和內(nèi)參基因的PCR效率。

8.LinRegPCR

網(wǎng)址： http://www.hartfaalcentrum.nl/index.php?main=files&fileName=LinRegPCR.zip&description=LinRegPCR:%20qPCR%20data%20analysis&sub=LinRegPCR

在從荷蘭的學(xué)術(shù)醫(yī)療中心（AMC）免費(fèi)下載適用于Windows操作系統(tǒng)的版本后，可從擴(kuò)增曲線的斜率來估算PCR效率。該軟件這適用于使用SYBR標(biāo)記或其他熒光探針的qPCR反應(yīng)，并且能與所有qPCR儀器的數(shù)據(jù)兼容。對(duì)PCR效率進(jìn)行可靠的估算可避免多次優(yōu)化標(biāo)準(zhǔn)曲線，節(jié)省qPCR實(shí)驗(yàn)操作的大量時(shí)間。

9.ResearchGate

網(wǎng)址：https://www.researchgate.net/


該網(wǎng)站有些像研究者們專屬的Facebook，方便研究者聯(lián)系和跟蹤同事，上傳發(fā)表論文同時(shí)也可積極參與研究相關(guān)主題的討論。在該網(wǎng)站注冊(cè)登錄后，查看PCR板塊就可以詢問到與PCR相關(guān)的任何問題，最重要的是此網(wǎng)站中對(duì)問題的答復(fù)都非常迅速，即便你是個(gè)完完全全的PCR新手，也能從中獲取很多有關(guān)PCR操作的建議和討論。

10.Protocol Online

網(wǎng)址：http://www.protocol-online.org/

這個(gè)網(wǎng)址類似于Research gate的Q&A部分，盡管該網(wǎng)站界面看起來有些簡(jiǎn)單粗糙，但確是一個(gè)protocol集中營(yíng)，可幫助實(shí)驗(yàn)菜鳥解決疑難雜癥。其中很多內(nèi)容均是基于用戶體驗(yàn)的，且囊括了很多有關(guān)實(shí)驗(yàn)方面的問題及答案，因而解決問題時(shí)應(yīng)擇善從之，符合或最接近自身實(shí)驗(yàn)條件的才是最好的實(shí)驗(yàn)protocol。

參考文章：Top Ten websites to help you with your PCR experiments


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