掌握這兩款軟件，讓點突變引物設(shè)計簡單到飛起！

時間：2023-06-04 23:39:01 | 來源：網(wǎng)站運營

時間：2023-06-04 23:39:01 來源：網(wǎng)站運營

掌握這兩款軟件，讓點突變引物設(shè)計簡單到飛起?。狐c突變技術(shù)應(yīng)用比較廣泛，我們今天涉及的點突變內(nèi)容主要是在質(zhì)粒上進行的。比如在雙熒光素酶報告基因?qū)嶒炛?，點突變結(jié)合位點，或者模擬磷酸化和去磷酸化實驗中，需要將氨基酸進行突變。

其實，點突變的方法比較成熟，設(shè)計點突變引物，進行PCR實驗，然后Dpn I酶處理去除模板質(zhì)粒，再轉(zhuǎn)化測序就好了。整個步驟最關(guān)鍵的就在點突變引物的設(shè)計上。

今天我們有一個例子結(jié)合兩大神器，讓點突變的引物的設(shè)計簡單要飛起。

我們選取Ezrin蛋白，它是ERM蛋白家族成員之一，其567位的蘇氨酸磷酸化能夠通過影響骨架蛋白調(diào)節(jié)細胞運動。我們將567位蘇氨酸突變?yōu)樘於彼醽砟M磷酸化。

首先，通過NCBI找到Ezrin的CDS序列，將序列復制下來。直接復制粘貼到word中，會把前面的序號一并復制進去，這樣處理起來就比較麻煩，這時候就要用到我們第一個神器BioXM軟件。

BioXM軟件在各大軟件園都能夠搜到，和以前一樣在文末福利包里也可以找到。雙擊打開BioXM軟件，將上面的序列粘貼進去，這個軟件不能夠識別數(shù)字，而且可以把空格自動略去，直接就能夠得到完整的序列。當然這只是這個神器最簡單的應(yīng)用，如果需要我會單獨再給大家寫一篇。

我們再從這個軟件中，將這長度為1761的序列復制出來，pia到另外一個神器Primer X中，進入我們的引物設(shè)計階段。

這是一個在線點突變引物設(shè)計網(wǎng)站，網(wǎng)址是：http://www.bioinformatics.org/primerx/index.htm。網(wǎng)站提供給我們?nèi)齻€選項，一個是從基因序列突變，一個是從氨基酸序列突變還有直接放進引物序列突變?nèi)N形式，我們點擊第二個選項“I want to design a primer pair based on a mutation in an encodedprotein sequence.”


現(xiàn)在我們把復制好的序列粘貼到這個框框中，點擊Translate。

CDS序列就轉(zhuǎn)換成了氨基酸序列，在Step 3中，輸入我們想要點突變的位點“T567D”。其他的不用變，點擊Next。

Step 6中選擇你要表達的系統(tǒng)，我們一般都是在大腸桿菌中進行表達。選擇好之后點擊Generate primers。

這樣你所需要的點突變引物就出來了，是不是很簡單。

其中的參數(shù)都可以根據(jù)實驗需要進行調(diào)節(jié)，一般不需要動，當產(chǎn)生的引物比較少或者沒有的適合，可以將條件放的寬松一點。

BioXM軟件也在下面大禮包中，由于鏈接不穩(wěn)定，我會隔三差五去換換，打開的朋友記得先保存再點贊哦！

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【我是小貝】

醫(yī)學博士、杭州三甲醫(yī)院工作、新晉奶爸，每周更新科研和讀書干貨，希望通過自己的經(jīng)驗和教訓幫到大家，我們一起成長！歡迎大家關(guān)注我！