生物信息學這行做【生物數(shù)據(jù)分析】和【數(shù)據(jù)庫、網(wǎng)站開發(fā)】哪個更好？

時間：2023-11-24 14:12:01 | 來源：網(wǎng)站運營

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生物信息學這行做【生物數(shù)據(jù)分析】和【數(shù)據(jù)庫、網(wǎng)站開發(fā)】哪個更好？：我所在的公司現(xiàn)在招生物信息學家的時候就需要兩者都會。

生物數(shù)據(jù)分析本身無需贅述，這是作為生物信息學家的根本。為什么會需要做「數(shù)據(jù)庫，網(wǎng)站開發(fā)」呢？

首先，做數(shù)據(jù)庫和網(wǎng)站自動化開發(fā)可以重復機械的工作；從而節(jié)約你的時間，幫助你更好的提高自己生物數(shù)據(jù)分析的水平。數(shù)據(jù)庫和好的網(wǎng)站工具(web app)是在生產(chǎn)研究到一定規(guī)模之后管理數(shù)據(jù)的必然選擇。既可以是一個基本的LIMS「圖書館管理系統(tǒng)」；也可以一些簡單的網(wǎng)站提供分析的工具。一個例子，當你要比較某個課題過去5年產(chǎn)生的所有的數(shù)據(jù)時，有一個好的LIMS可以讓你在幾分鐘之內(nèi)就得到聚合數(shù)據(jù)。你不需要焦頭爛額的問東問西嘗試人工找到所有的數(shù)據(jù)。這樣你就可以專注于分析數(shù)據(jù)；又比如說，你們實驗室和數(shù)個生物實驗室合作。你不想要浪費時間機械的重復的跑幾個既定的pipelines。花1天寫一個網(wǎng)站讓其他實驗室的人自己提交分析的請求，你寫好的pipelines就自動完成了既定的分析。而你就有時間學習新的技術，或者娛樂放松。如果不想浪費自己的時間，你需要學習數(shù)據(jù)庫和網(wǎng)站開發(fā)「Anything that you do more than twice has to be automated」。

第二，需求非常大，不論是學校，醫(yī)院，公司，都需要生物信息學家掌握數(shù)據(jù)庫和網(wǎng)站開發(fā)。在大的研究機構和公司中，每個人各司其職。好的數(shù)據(jù)庫和網(wǎng)站可以幫助你成為團隊中最重要的一員。誠然，數(shù)據(jù)庫和網(wǎng)站開發(fā)可以交給公司的碼農(nóng)們，或者外包給印度的公司。但是生物信息學發(fā)展如此之快，新的分析手段，新的分析軟件會讓你的數(shù)據(jù)進化的很快。同時新的問題，新的技術也會讓你的同事們產(chǎn)生新的分析需求。你并沒有對數(shù)據(jù)結(jié)構的掌控和對網(wǎng)站改進權利和能力。這個時候你們的工程不能完成快速迭代，會大大影響科研和產(chǎn)品開發(fā)的進程。這個時候，如果你和你的小團隊如果可以完成這個任務，就會是整個大團隊中最重要的角色。

第三，數(shù)據(jù)庫和網(wǎng)頁開發(fā)與生物數(shù)據(jù)分析相比非常簡單，為什么不學習呢？即沒有復雜的算法，也沒有未知的領域，數(shù)據(jù)庫和網(wǎng)站開發(fā)對你來說應該是小菜一碟。modern web frameworks 非常容易學習，一般幾周就可以寫出一個像模像樣的網(wǎng)站。舉個例子，genepanel.iobio 是基于Vue開發(fā)的，我的印象中作者是一年前開始學習Vue和網(wǎng)站開發(fā)的。Angular, React, Vue 都是比較容易上手的 （Angular可能難一些）。如果心態(tài)保守，可以從Shiny 開始。這就是個很好的例子： csoneson/iSEE 現(xiàn)在很多 single cell 的實驗室都通過Shiny發(fā)表一些 web app 用于數(shù)據(jù)分析。你有R的經(jīng)驗，所以現(xiàn)在就可以寫自己簡單的web app了。通常幾周之內(nèi)就會有一些成果。你不需要成為專業(yè)的web developer，所以并不難。

第四，商業(yè)機遇。就像我上面說的，這是的需求很大的技能。如果你能做出一些較好的數(shù)據(jù)庫網(wǎng)站系統(tǒng)管理NGS data。為什么不將這個系統(tǒng)商業(yè)化呢？

第五，開放的心態(tài)去學習新的技能可能會對你非常有幫助。舉個例子，我PhD期間主要工作是細胞生物學，需要做非常多的microscopy 和 image analysis。為了不想人工的分析圖像數(shù)據(jù)。我學了Python, 進而 CNN。而畢業(yè)之后，我也完全轉(zhuǎn)型成為了生物信息學家。多學習會讓你的路更寬，貌似沒有什么可以糾結(jié)的。

以上。