微陣列表達數(shù)據(jù)庫(數(shù)據(jù)庫)

時間：2022-11-28 16:30:01 | 來源：信息時代

時間：2022-11-28 16:30:01 來源：信息時代

    微陣列表達數(shù)據(jù)庫 : 微陣列數(shù)據(jù)的存儲倉庫,其中主要包含一些數(shù)據(jù)分析和可視化工具。尋找基因、探索其功能是分子生物及遺傳學研究的基礎(chǔ)?；蛭㈥嚵?、DNA晶片、基因晶片或生物晶片,用于承載基因的材料,可分為陣列方式及晶片方式兩種,前者為將經(jīng)聚合脢連鎖反應(yīng)增殖的片段或合成的寡核甘酸,用精密儀器布放到尼龍薄膜或玻璃載玻片上,即微陣列(microarray)或稱基因微陣列。后者是利用半導體及化學合成技術(shù),直接在矽晶片上合成寡核甘酸,即所謂的DNA晶片(DNAchip),其制作復雜且費用較高,并不適合一般實驗室使用。目前主要的微陣列及其他基因表達數(shù)據(jù)庫有:ArrayExpress、GXD、和GeneTrap等。
(1) ArrayExpress數(shù)據(jù)庫:由歐洲生物信息研究所創(chuàng)建,是一個公共的微陣列數(shù)據(jù)庫,用以存儲充分標注并且與MGED(微陣列基因表達數(shù)據(jù)協(xié)會)格式一致的數(shù)據(jù)(http://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/)。用戶可以在該網(wǎng)站瀏覽、查詢并且提交微陣列數(shù)據(jù)。使用網(wǎng)站提供的整合數(shù)據(jù)分析工具Expression Profiler還可以可視化以及分析數(shù)據(jù)庫中的微陣列數(shù)據(jù)。
(2) GXD: 是一個有關(guān)不同品系和突變體的小鼠基因表達譜數(shù)據(jù)庫(http://www.informatics.jax.org/)。主要有三部分內(nèi)容。一是在不同狀態(tài)下小鼠的不同基因的表達情況,主要的檢測基因方法有RNA原位雜交、免疫組化、northern/western雜交、Rnase保護實驗和RT-PCR。二是相關(guān)文獻的查找。三是有關(guān)小鼠發(fā)育過程中的基因表達信息。由于小鼠的基因組序列已完成,且與人類有很高的同源性,是目前最好的一個模式生物體。對小鼠不同狀態(tài)和突變體基因表達的研究對人類同源基因功能研究來說是一個很好的資源。
(3) GeneTrap: 數(shù)據(jù)庫中心位于加拿大的多倫多,該中心建立并存儲了大量人類疾病的小鼠模型,這種模型主要采用基因陷阱(gene trap)來建立。此外,該中心還收集了一些用ENU誘導突變得到的小鼠模型。通過檢索該數(shù)據(jù)庫,可以了解特定基因突變的可能表型,也可以通過表型搜索,推測導致該表型的可能突變的基因。該數(shù)據(jù)庫對人類疾病診治和分子機理研究具有指導意義(http://www.cmhd.ca/genetrap/index.html)。