又一國產(chǎn)高分數(shù)據(jù)庫，堪稱lncRNA神器

時間：2023-03-13 08:10:01 | 來源：電子商務

時間：2023-03-13 08:10:01 來源：電子商務

之前我們介紹了好用的CRN數(shù)據(jù)庫，可以在線分析差異表達lncRNA并繪制與差異mRNA聯(lián)系的網(wǎng)絡圖。那么有沒有能直接出lncRNA與預后相關(guān)的生存曲線圖的工具呢？答案當然是有的！這次我們就一起來看一下這個數(shù)據(jù)庫！

lnCAR數(shù)據(jù)庫（https://lncar.renlab.org/）是由中山大學的學者開發(fā)，相關(guān)文章（PMID: 30786995）于2019年4月發(fā)表在Cancer Research雜志（2019IF=9.727）上，截至2021-02-02該文章已引用6次（數(shù)據(jù)來源：PubMed ）。

從標題我就能知道該數(shù)據(jù)庫的數(shù)據(jù)來源是芯片，這也意味著該數(shù)據(jù)庫做出的圖可以直接和TCGA、oncomine等數(shù)據(jù)庫相互印證。下圖展示了lnCAR數(shù)據(jù)庫所使用到的所有資源信息及其鏈接。

目前，lnCAR數(shù)據(jù)庫收集整理了來自GEO數(shù)據(jù)庫中的10種腫瘤（膀胱癌、乳腺癌癌、宮頸癌、結(jié)腸癌、食管癌、胃癌、肝癌、肺癌、卵巢癌和前列腺癌）的52306個樣本的差異表達分析和12883個樣本的生存分析。

下圖匯總了該數(shù)據(jù)庫目前的各個癌種的差異分析和生存分析的樣本數(shù)。通過這個數(shù)據(jù)庫，我們可以快速查閱感興趣lncRNA在不同癌癥、不同條件的差異表達情況以及生存預后信息。

在lnCAR數(shù)據(jù)庫中，開發(fā)者們系統(tǒng)地收集了GEO數(shù)據(jù)庫中上述的10種腫瘤下相關(guān)數(shù)據(jù)，包括與腫瘤狀態(tài)、分級、分期、轉(zhuǎn)移、治療、生存期等相關(guān)臨床參數(shù)的數(shù)據(jù)。開發(fā)者們只保留有明顯臨床信息的樣本，并對芯片數(shù)據(jù)進行重注釋和表達值的標準化，之后再進行差異表達分析和生存分析。

開發(fā)者們將差異表達分析分為以下幾種情況：癌癥與正常對照組、高分期與低分期、高分級與低分級、轉(zhuǎn)移與原發(fā)性、藥物治療與對照組以及其他特征。其他特征指的是腫瘤特異性特征，如乳腺癌中的雌激素受體、孕激素受體和HER2狀態(tài)；肺癌和食管癌中的吸煙和飲酒狀態(tài)。開發(fā)者們用limma包進行不同條件下的差異表達分析。

開發(fā)者們收集的生存數(shù)據(jù)包括：總生存率（OS）、無復發(fā)生存率（RFS）、無轉(zhuǎn)移生存率（MFS）和無進展生存率（PFS）。開發(fā)者們是用survival包來進行生存分析的。

上圖展示了該數(shù)據(jù)庫的內(nèi)部運算流程。下面，我們就一起來看一下這個好用的數(shù)據(jù)庫吧！

進入到EXPLORE模塊下，主要有差異表達分析和生存分析兩大類。頁面默認展示了多個基因（首字母排序）在數(shù)據(jù)庫收錄的10個癌種中在癌癥與正常對照組的差異表達。在熱圖的左上角可以進行癌種（包括亞類）限制，在右側(cè)可以直接進行檢索。我們這里以HOTAIR在三陰性乳腺癌為例進行演示。

點擊表達值的選項框（就是上圖的“5.2101”）即可進入詳情頁面，主要包括基本信息、轉(zhuǎn)錄信息、差異表達信息和外部實驗驗證四部分。

點擊結(jié)構(gòu)下面的超鏈接還可以直接查看二級結(jié)構(gòu)，并對其進行下載保存（目前支持.svg、.png和.json三種格式）。

差異表達信息頁面顯示了該lncRNA在不同數(shù)據(jù)集中的主要信息，在表格的右上角也可以進行不同類型格式的下載和保存。

在任意一個數(shù)據(jù)集的view下面的超鏈接我們可以直接看到該lncRNA在該數(shù)據(jù)集中的表達情況的柱狀圖，在圖形的右上角可直接進行下載保存。

除了差異表達的柱狀圖，還提供了共表達網(wǎng)絡、KEGG通路分析和ceRNA網(wǎng)絡圖，感興趣的小伙伴可以關(guān)注一下。

在外部實驗驗證部分，可以看到該lncRNA的驗證方法和相關(guān)文獻和詳細描述。數(shù)據(jù)庫居然還有外部驗證，是不是很驚喜??？

接著，我們來看生存分析。同樣以HOTAIR在三陰性乳腺癌為例進行演示，這里我們選擇的是OS。

點擊表達值的選項框（就是上圖的“0.2253”）即可進入詳情頁面，主要包括基本信息、轉(zhuǎn)錄信息和生存分析三部分，其中基本信息和轉(zhuǎn)錄信息兩部分去差異表達里面的一致。我們直接來看生存分析。

在任意一個數(shù)據(jù)集的view下面的超鏈接我們可以直接看到該lncRNA在該數(shù)據(jù)集中的生存分析圖，在圖形的右上角可直接進行下載保存。

該數(shù)據(jù)庫的另外一個模式就是My lncRNA，主要是對新發(fā)現(xiàn)的lncRNA進行檢索。

我們以乳腺癌和chr12:53962000-53975000;53980000-53990000為例進行演示。

結(jié)果展示與EXPLORE模塊結(jié)果類似，只是在差異表達分析的展示里面少了給ceRNA。

總的來說，lnCAR是一個全面的數(shù)據(jù)庫，專門用于通過重新注釋芯片探針來顯示人類癌癥的差異表達譜和預后狀況。lnCAR數(shù)據(jù)庫將差異表達分析、生存分析、共表達分析、KEGG通路富集分析和ceRNA分析和相結(jié)合，探討感興趣的lncRNAs（包括注釋的lncRNA或任何用戶定義的lncRNA）的功能。

除了基本的轉(zhuǎn)錄信息、結(jié)構(gòu)和保守評分外，開發(fā)者們還將低通量數(shù)據(jù)，如實時PCR和northern雜交，整合到lnCAR中作為驗證數(shù)據(jù)集。此外，該數(shù)據(jù)庫還嵌入了多個統(tǒng)計圖，用于可視化分析結(jié)果。

作者：阿波沒有羅

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