研究miRNA必備的分析網(wǎng)站匯總！

時(shí)間：2023-06-05 01:57:01 | 來(lái)源：網(wǎng)站運(yùn)營(yíng)

時(shí)間：2023-06-05 01:57:01 來(lái)源：網(wǎng)站運(yùn)營(yíng)

研究miRNA必備的分析網(wǎng)站匯總?。航榻B一下miRNA靶基因預(yù)測(cè)，功能研究，定量引物設(shè)計(jì)等相關(guān)的一些網(wǎng)站，值得您收藏。

microRNA

microRNA(miRNA）微核糖核酸，是真核生物中廣泛存在的一種長(zhǎng)約21到23個(gè)核苷酸的RNA分子，可通過(guò)多種途徑調(diào)控基因的表達(dá)。目前研究比較清楚的3條調(diào)控途徑分別是：DNA甲基化，RNA剪切和翻譯阻止。在調(diào)控基因表達(dá)、細(xì)胞周期、生物體發(fā)育時(shí)序，疾病等方面都起到重要作用。

miRBase

miRBase數(shù)據(jù)庫(kù)是一個(gè)提供包括已發(fā)表的miRNA序列數(shù)據(jù)、注釋、基因靶標(biāo)預(yù)測(cè)等信息的全方位數(shù)據(jù)庫(kù)，是存儲(chǔ)miRNA信息最主要的公共數(shù)據(jù)庫(kù)之一。目前miRBase 更新到了V22版本。

http://www.mirbase.org

植物類miRNA靶基因預(yù)測(cè)

植物miRNA靶向目標(biāo)的位點(diǎn)要求匹配度比較高，所以植物miRNA的靶基因預(yù)測(cè)相對(duì)比較容易一些。

psRNATarget

一個(gè)在線的植物小RNA的靶基因預(yù)測(cè)工具。目前最好的植物miRNA預(yù)測(cè)網(wǎng)站，也一直更新。

http://plantgrn.noble.org/psRNATarget/

TAPIR

一個(gè)在線的植物micRNA的靶基因預(yù)測(cè)工具。

http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/tapir/

動(dòng)物類miRNA靶基因預(yù)測(cè)

動(dòng)物的miRNA與其靶目標(biāo)的識(shí)別區(qū)域比較小，一般只有miRNA的2-8區(qū)是保守的，這就導(dǎo)致miRNA的靶位點(diǎn)非常的多，為了降低假陽(yáng)性，所以對(duì)軟件的要求也非常的高。

TargetScan

TargetScan是通過(guò)搜索和每條miRNA種子區(qū)域匹配的保守的8mer和7mer位點(diǎn)來(lái)預(yù)測(cè)靶基因。

http://www.targetscan.org/

miRanda

miRanda是John等于2003年5月開發(fā)的第一個(gè)miRNA靶基因預(yù)測(cè)軟件。miRanda適用范圍廣泛，不受物種限制，同時(shí)提供了 windows,linux,和macintosh多平臺(tái)版本，可以下載到本地運(yùn)行。

http://www.microrna.org/microrna/home.do

RNAhybrid

RNAhybrid是一種用于尋找一條長(zhǎng)鏈RNA和一條短鏈RNA的最小配對(duì)自由能的工具，是通過(guò)一種域碼來(lái)實(shí)現(xiàn)的。例如一條短鏈序列結(jié)合到長(zhǎng)鏈的最佳位置上。該工具主要作為microRNA靶基因預(yù)測(cè)用。

http://bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/rnahybrid/

PicTar

PicTar是通過(guò)一定計(jì)算法則來(lái)鑒定microRNA的靶目標(biāo)的。該可搜索的網(wǎng)站可以提供以下物種的關(guān)于microRNA靶目標(biāo)的預(yù)測(cè)詳細(xì)信息，包 括：脊椎動(dòng)物、七個(gè)果蠅種類、三個(gè)線蟲種類和人類的非保守但共表達(dá)的microRNA的靶目標(biāo)(例如：表達(dá)在同一組織的microRNA和mRNA)。

http://www.pictar.org/

PITA

PITA基于靶位點(diǎn)的可接性(target-site accessibility)預(yù)測(cè)microRNA的靶標(biāo)。

http://genie.weizmann.ac.il/pubs/mir07/mir07_data.html

RNA22

RNA22基因序列特征預(yù)測(cè)microRNA的結(jié)合位點(diǎn)。

http://cbcsrv.watson.ibm.com/rna22.html

miRTarBase

一個(gè)全面收集已被實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證的microRNA靶標(biāo)數(shù)據(jù)庫(kù)。

http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/php/index.php

DIANA-microT

DIANA-microT是KiriakidouM等基于實(shí)驗(yàn)和計(jì)算生物學(xué)方法開發(fā)的miRNA靶基因預(yù)測(cè)軟件。和miRanda預(yù)測(cè)結(jié)果中可能出 現(xiàn)一個(gè)miRNA對(duì)應(yīng)多個(gè)靶位點(diǎn)或多個(gè)miRNA對(duì)應(yīng)一個(gè)靶位點(diǎn)而丟掉了miRNA調(diào)控單個(gè)靶位點(diǎn)不同的是，DIANA-microT考慮了miRNA調(diào) 控單個(gè)靶位點(diǎn)的情況。

http://www.microrna.gr/microT

miRWalk

miRWalkis是一個(gè)綜合性數(shù)據(jù)庫(kù)，提供來(lái)自人類、小鼠和大鼠的miRNA的預(yù)測(cè)信息和經(jīng)過(guò)驗(yàn)證的位于其靶基因上的結(jié)位點(diǎn)。http://www.ma.uni-heidelberg.de/apps/zmf/mirwalk/

TarBase

TarBase數(shù)據(jù)庫(kù)人工搜集了實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證過(guò)的miRNA的靶基因，包括在人、小鼠、果蠅、蠕蟲和斑馬魚中的miRNA的靶基因，區(qū)分出這些miRNA靶基因中的對(duì)的和不對(duì)的。

http://diana.cslab.ece.ntua.gr/tarbase/

miRecords

動(dòng)物 miRNA 的靶相互作用的數(shù)據(jù)庫(kù), 包括人工收集實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證的, 預(yù)測(cè)的 miRNA的靶目標(biāo). 靶標(biāo)預(yù)測(cè)工具DIANA-microT, MicroInspector, miRanda, MirTarget2, miTarget, NBmiRTar, PicTar, PITA, RNA22, RNAhybrid, and TargetScan/TargertScanS。

starBase

starBase 從高通量的CLIP-Seq實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)(CLIP-Seq和HITS-CLIP)和降解組實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)中(degradome sequencing)搜尋micorRNA的靶標(biāo)。提供了各式各樣的可視化界面去探討microRNA的靶標(biāo)

http://starbase.sysu.edu.cn/

ViTa

ViTa數(shù)據(jù)庫(kù)搜集來(lái)自miRBase、ICTV、VirGne、VBRC等數(shù)據(jù)庫(kù)的病毒數(shù)據(jù)，包括了已知的病毒的miRNA以及相應(yīng)的由 miRanda和TargetScan預(yù)測(cè)的宿主miRNA靶基因。ViTa還提供有效的注釋，包括人類miRNA的表達(dá)情況，病毒感染的組織等。

http://vita.mbc.nctu.edu.tw/

miRNA功能相關(guān)的數(shù)據(jù)庫(kù)

miRNApath

miRNApath是一個(gè)關(guān)于miRNA、靶基因以及代謝通路的的數(shù)據(jù)庫(kù)。

http://lgmb.fmrp.usp.br/mirnapath/tools.php

miR2Disease

miR2Disease數(shù)據(jù)庫(kù)是一個(gè)人工注釋的數(shù)據(jù)庫(kù)，主要收錄的是與人類疾病相關(guān)的microRNA信息。

http://mlg.hit.edu.cn:8080/miR2Disease/search.jsp

TransmiR

TransmiR是關(guān)于轉(zhuǎn)錄因子的microRNA調(diào)節(jié)的數(shù)據(jù)庫(kù)，對(duì)于用于學(xué)術(shù)研究室免費(fèi)的。

http://cmbi.bjmu.edu.cn/transmir

TripletSVM

TripletSVM是一個(gè)用于預(yù)測(cè)一個(gè)具有發(fā)夾結(jié)構(gòu)的被查詢序列是否是一個(gè)真正的miRNA前體物的程序。

http://bioinfo.au.tsinghua.edu.cn/mirnasvm/

Vir-Mir

Vir-Mir數(shù)據(jù)庫(kù)提供預(yù)測(cè)的病毒miRNA的候選發(fā)夾結(jié)構(gòu)序列。

http://alk.ibms.sinica.edu.tw/cgi-bin/miRNA/miRNA.cgi

miRNA設(shè)計(jì)

WMD3

設(shè)計(jì)人工的miRNA

http://wmd3.weigelworld.org./cgi-bin/webapp.cgi

sRNAPrimerDB

miRNA 定量引物設(shè)計(jì)，支持9種引物設(shè)計(jì)方案

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