分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)中有哪些常用的軟件？
時(shí)間：2023-12-07 07:54:01 | 來源：網(wǎng)站運(yùn)營(yíng)
時(shí)間：2023-12-07 07:54:01 來源：網(wǎng)站運(yùn)營(yíng)
分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)中有哪些常用的軟件？：
分子克隆：SnapGene
http://www.snapgene.com/遇見SnapGene之前大概使用過十幾種分子克隆軟件，直到有一天遇到了SnapGene，發(fā)現(xiàn)它差不多集成了之前十幾種軟件的優(yōu)點(diǎn)，同時(shí)摒棄了它們所有的缺點(diǎn)。最關(guān)鍵的一點(diǎn)，是精致打磨的設(shè)計(jì)感。真的美，美出聲。
特別是2.0版本之后出現(xiàn)的多序列比對(duì)功能，美妙極了。
說幾個(gè)很出彩的功能：
- 多序列比對(duì)，剛說過了，誰(shuí)用誰(shuí)知道
- 自動(dòng)檢測(cè)常規(guī)特征（Common Feature）
- 自動(dòng)引物設(shè)計(jì)。這里吐槽一下Primer Premier, 這個(gè)軟件上市的時(shí)候，PCR酶還很弱小，引物質(zhì)量會(huì)對(duì)結(jié)果產(chǎn)生比較大的影響，所以這個(gè)專門用來設(shè)計(jì)引物的軟件考慮了很多的因素，難用一點(diǎn)也忍了。這么多年過去了，PCR酶已經(jīng)非常強(qiáng)大，引物質(zhì)量對(duì)結(jié)果的影響越來越小了，PP這種軟件太過時(shí)了。相反SnapGene的引物設(shè)計(jì)恰到好處，簡(jiǎn)單直接。
- 支持Gibson Assembly，還可以自動(dòng)設(shè)計(jì)引物。這里吐槽一下Vector NTI，有誰(shuí)知道Vector NTI最新的版本11.5是哪年發(fā)布的嗎？2010年，五年沒更新過了。。
- 直接導(dǎo)入Genbank 序列號(hào)
太多了，不想寫了。
最后再說下SnapGene的價(jià)格，單一授權(quán) $350/年，或$750/永久。
文獻(xiàn)閱讀：ReadCube
ReadCube是以文獻(xiàn)閱讀為中心的文獻(xiàn)管理軟件，不同于EndNote那種以引文為核心的管理軟件。
自動(dòng)識(shí)別PDF文檔中的信息，比如題目、作者、摘要、引文。對(duì)于生命科學(xué)的文獻(xiàn)還是非常準(zhǔn)確的，幾年前聽說其他領(lǐng)域的論文識(shí)別準(zhǔn)確度不高，不知道現(xiàn)在改進(jìn)沒有。
可以找到全文下載的連接，還可以通過大學(xué)圖書館的代理訪問全文數(shù)據(jù)庫(kù)。
ReadCube和Nature有合作，大家讀Nature論文的時(shí)候都能看到。
說幾個(gè)亮點(diǎn)：
- 根據(jù)你的文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫(kù)，推薦和你研究興趣最相關(guān)的文獻(xiàn)
- SmartCite：在Word里雙擊Ctrl可以插入?yún)⒖嘉墨I(xiàn)。但是很難用，看來EndNote那種技術(shù)還是有點(diǎn)難度的。
- 免費(fèi)?。?！增值服務(wù)收費(fèi)，$5/m，主要是云同步功能和引文趨勢(shì)信息。
- 有iOS和Android客戶端，有云同步的話還是很爽的。
實(shí)驗(yàn)記錄：Microsoft Office OneNote
個(gè)人感覺OneNote絕對(duì)可以成為一種宗教...
用OneNote做實(shí)驗(yàn)記錄是一種怎樣的體驗(yàn)?zāi)?？順滑?br>
兩年前花費(fèi)了一段時(shí)間在OneNote上建立實(shí)驗(yàn)記錄的規(guī)則，感覺就是需要的功能都以最舒服的方式擺在那里供我使用。
其實(shí)也不全是，還是有極少數(shù)想要的功能沒有的，攤手。等待Office 2016吧。
亮點(diǎn)太多了，不知道從哪說起：
- 可以查詢每一個(gè)字是在什么時(shí)間寫下的，誰(shuí)寫下的（多人編輯的時(shí)候）。
- 隨時(shí)隨地的計(jì)算器，做著筆記如果要算個(gè)乘法，只需要輸入 “3*5=”，然后按下空格，直接顯示結(jié)果。
- 快捷鍵：檢查框、創(chuàng)建表格、輸入當(dāng)前時(shí)間等等
- 云同步和協(xié)作編輯。但是OneDrive經(jīng)常抽風(fēng)，給中評(píng)。
- 自動(dòng)保存。自動(dòng)保存就是你的光標(biāo)停留在哪里，然后斷電了，來電了，你打開電腦，光標(biāo)還在那里。
- 全局搜索，有Ctrl+E 和Ctrl+F兩種搜索，不一樣，很玄妙。
太多了，OneNote真的很棒，如果你恰好還有一臺(tái)Surface就更棒了，感覺像活在未來。
還有一些軟件，沒有上面這么常用，以后再寫吧。
關(guān)鍵詞：實(shí)驗(yàn),分子
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