RNA序列數(shù)據(jù)庫(數(shù)據(jù)庫)

時(shí)間：2022-11-08 06:30:01 | 來源：信息時(shí)代

時(shí)間：2022-11-08 06:30:01 來源：信息時(shí)代

    RNA序列數(shù)據(jù)庫 : 以RNA核苷酸堿基順序?yàn)榛緝?nèi)容,并附有注釋信息的一種序列數(shù)據(jù)庫。各種RNA在細(xì)胞中起著多種作用。除了信使RNA(mRNA)、轉(zhuǎn)運(yùn)RNA(tRNA)、構(gòu)成核糖體骨架的rRNA、導(dǎo)引RNA(gRNA)外,還有各種不翻譯成蛋白的RNA(非編碼RNA),起著調(diào)控和催化等作用。
(1) 歐洲核糖體rRNA數(shù)據(jù)庫(http://www.psb.ugent.be/rRNA/): 由比利時(shí)Antwerp大學(xué)于1983年建立,自2003年起由Ghent大學(xué)負(fù)責(zé)管理。它是一個(gè)關(guān)于核糖體RNA的結(jié)構(gòu)、功能、數(shù)據(jù)庫、引物、軟件等綜合信息的數(shù)據(jù)庫,主要包含rRNA數(shù)據(jù)庫SSU和LSU、多序列聯(lián)配編輯器DCSE、RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)繪圖程序RnaViz、樹構(gòu)建程序TREECON、分布式數(shù)據(jù)文件轉(zhuǎn)換軟件TRAFOR等。該數(shù)據(jù)庫的目的是從小和大RNA核糖體亞單位(SSU和LSU)編輯全部完全的和近于完全的核糖體序列; 序列的比對(duì)是基于分子的二級(jí)結(jié)構(gòu),通過序列比較分析獲得。另外它還提供諸如物種的分類學(xué)、參考文獻(xiàn)之類的附加信息。
(2) NONCODE數(shù)據(jù)庫(http://www.bioinfo.org.cn/NONCODE/):由中科院計(jì)算所智能信息處理重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室生物信息學(xué)課題組建立,該數(shù)據(jù)庫收錄所有(tRNA和rRNA除外)不編碼蛋白質(zhì)的RNA信息。NONCODE的數(shù)據(jù)量非常大,幾乎包含所有非編碼RNA種類; 其次,所有的序列都經(jīng)人工確認(rèn),其中80%是實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù); 第三,使用了一個(gè)全新的分類系統(tǒng),系統(tǒng)依據(jù)的是ncRNA所參與的細(xì)胞生理過程;最后,NONCODE提供了有效的搜索環(huán)境,可以找到序列出處等相關(guān)信息。
(3) Aptamer適應(yīng)配體數(shù)據(jù)庫(http://aptamer.icmb.utexas.edu/): 是一個(gè)全面的,帶注釋的關(guān)于適應(yīng)配體及其選擇的信息庫。DNA和RNA不僅有遺傳信息的存儲(chǔ)和傳遞功能,還能通過自身特有的結(jié)構(gòu)與其他分子相互作用,隨機(jī)寡核苷酸庫就建立在這個(gè)基礎(chǔ)上,從這類隨機(jī)序列庫中篩選出與靶分子高度特異結(jié)合片段的過程,被稱為配體系統(tǒng)進(jìn)化的指數(shù)富集過程(systematic evolution of ligands by exponential enrichment,SELEX),篩選出的分子被稱為“適應(yīng)配體”(aptamer)。
(4)Plant snoRNA植物核仁小RNA數(shù)據(jù)庫(http://bioinf.scri.sari.ac.uk/cgi-bin/plant_snorna/home/): 整合了來自兩個(gè)方面的信息,一方面由三個(gè)獨(dú)立的計(jì)算機(jī)輔助搜索擬南芥基因組中的box C/D核仁小RNA而來,另一方面的信息從非編碼RNA而來。迄今為止,擬南芥box C/D核仁小RNA已經(jīng)用來從不同的非擬南芥植物物種中鑒定了大約250個(gè)基因,該數(shù)據(jù)庫提供了這些基因序列的比對(duì),并提供了所有植物核仁小RNA基因的統(tǒng)一命名規(guī)則。