時(shí)間：2022-12-12 16:30:01 | 來(lái)源：信息時(shí)代
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比對(duì)搜索工具 : 一套在蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)或DNA數(shù)據(jù)庫(kù)中進(jìn)行相似性比較的分析工具,它的產(chǎn)生是基于Altschul等人1990年在J.Mol.Biol.上發(fā)表的論文。
BLAST程序能將某個(gè)DNA或蛋白質(zhì)序列與已知的生物序列數(shù)據(jù)庫(kù)中的序列進(jìn)行快速相似性比對(duì)。BLAST計(jì)算結(jié)果中的得分是對(duì)序列相似性程度的一種度量。BLAST采用一種局部算法可以獲得兩個(gè)序列中具有相似性的序列片段,它基于匹配短序列片段,利用隨機(jī)過(guò)程中的似然分析來(lái)確定未知序列與數(shù)據(jù)庫(kù)序列的最佳局部聯(lián)配。
BLAST可以下載公共數(shù)據(jù)庫(kù),用于本地查詢。也可以通過(guò)Internet直接到網(wǎng)上查詢(即netblast)。提交待查序列的方法有3種: 用E-mail、委托程序或WWW界面提交序列。三種方法均由以下四個(gè)部分構(gòu)成:①選擇相關(guān)程序(即查詢方式,如BLASTP,BLASTX等等);②查詢的數(shù)據(jù)庫(kù)名稱;③格式及修飾物; ④查詢序列。
BLAST是一個(gè)包括以下五種序列數(shù)據(jù)庫(kù)搜索的程序家族: ①BLASTP是在蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)中進(jìn)行相似蛋白質(zhì)序列的搜索; ②BLASTX是在蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)中進(jìn)行相似核酸序列的搜索; ③BLASTN是在核酸數(shù)據(jù)庫(kù)中進(jìn)行相似核酸序列的搜索; ④TBLASTN是在核酸數(shù)據(jù)庫(kù)中進(jìn)行相似蛋白質(zhì)序列的搜索; ⑤TBLASTX是在核酸數(shù)據(jù)庫(kù)中進(jìn)行相似核酸序列的搜索。此種查詢將庫(kù)中的核酸序列和所查的核酸序列都翻譯成蛋白,由于每條核酸序列會(huì)產(chǎn)生6條可能的蛋白序列,這樣每次比對(duì)會(huì)產(chǎn)生36種比對(duì)陣列。通常根據(jù)查詢序列的類型(蛋白或核酸)來(lái)決定選用何種BLAST。
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