基因幫搭建科研服務(wù)的橋梁

時間：2022-03-14 09:09:02 | 來源：行業(yè)動態(tài)

時間：2022-03-14 09:09:02 來源：行業(yè)動態(tài)

因為SienceEXChange在線科研服務(wù)交易平臺的成功，也讓生命基線萌生建立在線交易平臺的設(shè)想，把優(yōu)秀的資源集中起來，再分發(fā)給研究人員和有科研需求的醫(yī)院醫(yī)生。

這也是在簡基之前，2015年就產(chǎn)生的基因幫，其致力解決科研人員在科研過程中各個環(huán)節(jié)的需求，提供基因測序及測序數(shù)據(jù)分析服務(wù)。科研人員在平臺上提交需求，基因幫進(jìn)行工程師匹配，雙方取得聯(lián)系，明確收費和交付時間。在這個過程中基因幫作為一個第三方平臺，將對項目預(yù)付款、項目進(jìn)度進(jìn)行把控和監(jiān)管。

大部分科研工作者專注于實驗研究和探索生物學(xué)規(guī)律，分析工作通常是與公司合作進(jìn)行。凌之浩介紹到，基因幫不僅覆蓋了基因組學(xué)，還有像蛋白組學(xué)、轉(zhuǎn)錄組學(xué)、代謝組學(xué)等數(shù)據(jù)分析服務(wù)，而且華大基因、諾禾致源等公司也入住了平臺。

最開始基因幫通過本地數(shù)據(jù)中心為科研機構(gòu)提供服務(wù)，機房托管了6臺服務(wù)器，隨著交易量的增長，越來越多的分析樣本已經(jīng)很難滿足，有時甚至需要同時開啟幾百甚至上千臺服務(wù)器來滿足計算需求。而且大數(shù)據(jù)分析場景中的高通量數(shù)據(jù)傳輸以及如何將結(jié)果已更加高效方式呈現(xiàn)給終端用戶也是客戶面臨的問題，生命基線也開始尋求通過云來繼續(xù)提供優(yōu)質(zhì)服務(wù)。

在陸陸續(xù)續(xù)使用了超算和一些云計算平臺后，基因幫最終在半年前正式切換到AWS。對于選擇亞馬遜AWS的原因，凌之浩開玩笑說，因為公司的對面就是AWS。其實選擇AWS出于成本和服務(wù)兩方面因素考慮。

通過數(shù)百臺Amazon EC2 Spot實例基因幫獲得所需要的計算能力，使用命令行工具，配合EC2，以及啟動腳本來進(jìn)行快速的部署，利用S3來儲存樣本數(shù)據(jù)和最終結(jié)果?；驇涂梢栽?Amazon EC2 Spot實例請求中指定出價，從而選擇愿意為實例支付的每小時價格，這一模式非常適合測試和開發(fā)環(huán)境。

現(xiàn)在幾分鐘就可以部署上百臺服務(wù)器實現(xiàn)計算分析任務(wù)，并在計算完成后自動關(guān)閉實例。根據(jù)業(yè)務(wù)需求自動的進(jìn)行彈性擴展所需要的實例，極大的降低了運維的壓力。

目前基因幫已經(jīng)與眾多高等院校和機構(gòu)合作，包括四川大學(xué)華西醫(yī)院、成都中醫(yī)藥大學(xué)、四川農(nóng)業(yè)大學(xué)、浙江大學(xué)等全國范圍的高校與科研院所。同時基因幫還推出了試劑耗材商城、測序商城、基因幫生物云等服務(wù)，使得業(yè)務(wù)日益豐富。