時間：2022-12-03 22:30:01 | 來源：信息時代
時間：2022-12-03 22:30:01 來源：信息時代
序列檢索系統(tǒng) : 由歐洲分子生物學(xué)實驗室(EMBL)研制的一個基于Web的查詢系統(tǒng),也是國際上最有影響的生物分子數(shù)據(jù)庫查詢系統(tǒng)之一。SRS采用全菜單驅(qū)動方式,用戶可以用SRS迅速訪問生物分子數(shù)據(jù)庫和文獻數(shù)據(jù)庫,從而查到符合條件的序列。
SRS的系統(tǒng)組成如下:
(1)快速搜索欄:包括執(zhí)行快速搜索中的一個裝載分析工具; 訪問數(shù)據(jù)庫獲得相關(guān)信息; 訪問在線文檔; 開始一個持久項目。
(2) View Manager: 包括給新的view命名; 選擇一組將被用到的域;選擇某個view定義的數(shù)據(jù)庫;刪除已經(jīng)定義的用戶view;
(3) Link選項: 可以用Link工具查詢與已知結(jié)果相關(guān)的條目。
(4)分析工具: 允許SRS用戶利用各種生物信息學(xué)工具來分析得到的結(jié)果,可以用特定的序列信息來提煉所得到的搜索結(jié)果。
(5) DataBanks選項: 包含在當(dāng)?shù)卣军c可以訪問的數(shù)據(jù)庫信息,如每個數(shù)據(jù)庫中的條目數(shù),索引日期,可獲得的數(shù)據(jù)庫狀態(tài)等。
(6)將用戶的反饋信息提交系統(tǒng)。
SRS中的數(shù)據(jù)庫包括: 一級數(shù)據(jù)庫EMBL、EMBL NEW、SWISS-PORT、PIR; 二級數(shù)據(jù)庫蛋白質(zhì)家族和結(jié)構(gòu)域數(shù)據(jù)庫PROSITE、限制酶數(shù)據(jù)庫ReBase、PDB序列子集數(shù)據(jù)庫NRL 3D、真核基因啟動子數(shù)據(jù)庫EPD、E.coli數(shù)據(jù)庫ECD、酶名稱和反應(yīng)數(shù)據(jù)庫ENZYME、生物計算文獻數(shù)據(jù)庫SEQANALREF等,還有與功能、疾病相關(guān)的數(shù)據(jù)庫,總共有80多個數(shù)據(jù)庫。
除了查詢和獲取數(shù)據(jù)功能之外,SRS還帶有許多嵌入式工具,如分子疏水性顯示、相似性搜索、多重序列比對等工具。
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