時間：2022-12-19 00:30:01 | 來源：信息時代
時間：2022-12-19 00:30:01 來源：信息時代
Entrez生物信息數據庫檢索系統(tǒng) : 一個綜合的查詢與搜索系統(tǒng),1991年由美國生物技術信息中心研制。Entrez的成功之處在于數據庫的耦合連接,數據庫的記錄與本數據庫或者其他數據庫中的記錄相互連接,交叉索引。數據庫之間的鏈接對于生物數據挖掘非常重要。
Entrez系統(tǒng)集成了NCBI各種數據庫中的信息,包括核酸序列、蛋白質序列、生物大分子結構、基因組數據、生物分類數據庫、孟德爾人類遺傳學數據(OMIM)、電子期刊數據庫及生物醫(yī)學文獻數據庫MEDLINE。
核酸數據主要來自于GenBank、EMBL和DDBJ,也有一部分數據來自于基因組序列數據庫GSDB,另一部分數據來源于ProSet數據庫。ProSet是一個DNA序列的集合,其中的序列用于分析種群的進化關系; 蛋白質數據庫包括根據核酸數據庫中DNA編碼序列翻譯得到的蛋白質序列及PIR、SWISS-PORT、PRF及PDB中的蛋白質序列; 結構數據來自于生物大分子結構及建模數據庫MMDB,系統(tǒng)提供三維結構的顯示工具Cn3D,用戶可以通過交互方式操縱大分子,并從不同角度觀察和分析其結構空間;基因組數據提供不同生物的全基因組和染色體的視圖,提供基因組的遺傳圖譜、物理圖譜和序列圖譜,目前有關于1000多種生物的基因組數據;生物醫(yī)學數據庫文獻主要來自于國家醫(yī)學圖書館MEDLINE數據庫和pre-MEDLINE數據庫。
Entrez提供多種搜索方式,可以將搜索目標限定在特定的數據庫或數據庫集合,將搜索范圍約束在特定的數據項。Entrez可以允許用戶按作者、唯一標識符(如登錄號、序列標識)、分子量、序列長度等查詢數據庫,用戶在查詢對話框中輸入搜索條件,各種搜索條件在默認的情況下是“與”操作,也可以在表述搜索條件的語句兩端加上雙引號,將搜索條件當成“短語”,在數據庫中搜索與“短語”匹配的記錄。如果搜索條件不是以短語形式輸入,則Entrez將按“與”的關系在數據庫中搜索同時出現各查詢“單詞”的記錄。用戶可以利用Entrez提供的限制條件(limits)、索引(index)、檢索歷史(history)和剪貼板(clipboard)等功能來實現復雜的檢索工作。
Entrez中的數據庫服務器除提供數據查詢之外,還提供生物分子數據分析工具。如,ORF Finder(open reading frame finder)是一個圖形化的分析工具,能夠在用戶給定的核酸序列或者數據庫中的核酸序列中找到可能的開放閱讀框,并推導出相應的氨基酸序列。
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